計算機概要

KOGサーバシステム構成

KOGゲノム解析システムは以下のセキュリティーガイドラインを遵守しており、NBDC機関外サーバとして利用ができる、3例目の計算機です。

NBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインおよびNBDCヒトデータグループ共有データ取扱いセキュリティガイドライン チェックリスト

主に計算機、高速ストレージ、アーカイブストレージの3つで構成されています。仕様は以下のとおりです。

1. 計算ノード:合計約2000コア
  ノード数 OS CPU CPUコア数
(ノードあたり)
メモリ容量
(ノードあたり)
計算ノード 25 CentOS 8 AMD EPYC 7742(2.25GHz) x1 64 512GB
計算ノード(大容量メモリ) 2 CentOS 8 AMD EPYC 7742(2.25GHz) x2 128 4096GB

2. 共有ストレージ(ホームディレクトリ)
  ノード数合計ディスク容量
Lustre 2.3PB

3. テープアーカイブ
  Tape Drive数 容量
Quantum Scalar i6 LTO8 Tape Library 2 6PB

4. ネットワーク
  名称
計算用ネットワーク 100Gbps EDR InfiniBand
管理用ネットワーク 10Gbps Ethernet

5. ジョブスケジューラー(Univa Grid Engine)
Queue名 スロット数
(Queue全体)
スロット数
(ノードあたり)
メモリ
(Queue全体)
メモリ
(ノードあたり)
実行時間の上限
lmem.q(大容量メモリジョブ) 256 128 8TB 4TB 31日
node.q(通常ジョブ) 1200 64 10.2TB 512GB 31日
qlogin.q(対話ジョブ) 128 64 1TB 512GB 無制限
(無操作6時間で自動ログアウト)