計算機概要

KOGサーバシステム構成

KOGゲノム解析システムは以下のセキュリティーガイドラインを遵守しており、NBDC機関外サーバとして利用ができる、3例目の計算機です。

NBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインおよびNBDCヒトデータグループ共有データ取扱いセキュリティガイドライン チェックリスト

主に計算機、高速ストレージ、アーカイブストレージの3つで構成されています。仕様は以下のとおりです。

1. 計算ノード:合計約2000コア
  ノード数 OS CPU CPUコア数
(ノードあたり)
メモリ容量
(ノードあたり)
計算ノード 25 CentOS 8 AMD EPYC 7742(2.25GHz) x1 64 512GB
計算ノード(大容量メモリ) 2 CentOS 8 AMD EPYC 7742(2.25GHz) x2 128 4096GB

2. 共有ストレージ(ホームディレクトリ)
  ノード数合計ディスク容量
Lustre 2.3PB

3. テープアーカイブ
  Tape Drive数 容量
Quantum Scalar i6 LTO8 Tape Library 2 6PB

4. ネットワーク
  名称
計算用ネットワーク 100Gbps EDR InfiniBand
管理用ネットワーク 10Gbps Ethernet

5. ジョブスケジューラー(Univa Grid Engine)
Queue名 スロット数
(Queue全体)
スロット数
(ノードあたり)
メモリ
(Queue全体)
メモリ
(ノードあたり)
実行時間の上限
lmem.q(大容量メモリジョブ) 256 slot 128 slot 8 TB 4 TB 31 日
node.q(通常ジョブ) 1200 slot 64 slot 10.2 TB 512 GB 31 日
qlogin.q(対話ジョブ) 128 slot 64 slot 1 TB 512 GB 無制限
(無操作6時間で自動ログアウト)